Il modulo base di DeskEngine consente di adempiere a tutte le operazioni relative alla gestione della contabilità ordinaria: rilevazioni contabili tramite le scritture in partita doppia, stampa dei libri contabili e IVA, bilanci (di verifica, CEE e riclassificati).
La contabilità IVA gestisce la liquidazione mensile ed un numero arbitrario di sezionali.
La gestione dei clienti e dei fornitori permette di controllare il rapporto con il cliente/fornitore, dalla rilevazione del credito/debito alla presentazione in banca delle distinte effetti e delle richieste di emissione dei mandati di pagamento, fino alla gestione degli incassi, degli insoluti e dei pagamenti.
Il sistema consente di eseguire operazioni di contabilità in valuta: i documenti possono essere registrati nella loro divisa (Dollari, Sterline, ecc.) con possibilità di modifica del cambio proposto e memorizzato nella registrazione, il calcolo dei controvalori nella divisa base aziendale (Euro) viene eseguito in automatico.